qine, добрый день.
Цитата: можно ли отправить письмо в банк с уточнением назначения платежа, если оба контрагента все согласовали?
Можно.
И, аналогичные письма приложить к платежкам у обоих сторон.
Цитата: Не будет ли проблем потом с налоговой?
Если у вас был предоставлен займ, имеется договор, своевременно начислены проценты, все от отражено в отчетностях, то налоговики получив все документы, посмотрят их и все будет в порядке.
Цитата: Или лучше оставить авансы по договору поставки и долг по договору займа?
это вам виднее, если вы успеете до конца года произвести поставку, то можно и так, если же в этом году поставки не будет, то лучше оформить все таки возврат займа. Во-первых, с аванса вы платили в бюджет авансовый НДС, а во вторых, с нового года ставка НДС меняется, и все операции которые возможно закрыть до этого переходного периода лучше закрыть.